אם נשווה את משאבת בריכת השחייה ללב המערכת הרי שהמסנן מהווה בעצם את הכליות, תפקידו ללכוד ולהפריד את הלכלוך הפיזי המומס במי בריכת השחייה וע"י כך גם להוריד את רמת העכירות במים, וגם להסיר את המצע האורגני המשמש להתפתחות חיידקים. קיימים כמה שיטות סינון, נתייחס מתוכם לעיקריות: סינון חול, סינון דיאטומי וסינון קרטריג'.בבריכות שחייה פרטיות נעשה בעיקר שימוש במסנני חול בשל קלות תפעולם, בבריכות ציבוריות גנעשה שימוש גם במסננים דיאטומיים בשל רמות הסינון הגבוהות שהן מספקים. מסנני קרטריג משמשים כרגע בשוק בעיקר בבריכות עיסוי - ג'קוזי.